Lo scavo dell’area, situata nella porzione meridionale del sito, ha permesso di conoscere l’antico chiostro abbaziale risalente al XII secolo, che rappresentava il cuore del monastero camaldolese, con i suoi corridoi colonnati che accoglievano i monaci in preghiera e le sepolture dei confratelli, le celle, il giardino e il pozzo. Il complesso andò in abbandono agli inizi del XV secolo e divenne una cava di materiali da costruzione; unica struttura rimasta sempre in uso, che da un migliaio d’anni continua a fornire acqua, è l’antico pozzo del monastero.